Imagej Binär Optionen

Partikelanalyse Automatische Partikelzählung Automatische Partikelzählung kann durchgeführt werden, wenn das Bild nicht zu viele einzelne Partikel berührt hat. Manuelle Partikelzählung kann mit dem Multi-Point Tool durchgeführt werden. Segmentierung. Oder die Fähigkeit, ein Objekt von seinem Hintergrund zu unterscheiden, kann eine schwierige Frage zu behandeln. Sobald dies geschehen ist, kann das Objekt dann analysiert werden. RAW Threshold Watershed AnalyzeParticles Einstellen einer Schwelle 5.1.1.1 Manuelle Schwellwertbildung Die automatische Partikelanalyse erfordert ein binäres, schwarzes und weißes Bild. Ein Schwellenbereich wird eingestellt, um die interessanten Objekte vom Hintergrund zu erzählen. Alle Pixel im Bild, deren Werte unter dem Schwellenwert liegen, werden in Schwarz umgewandelt und alle Pixel mit Werten oberhalb der Schwelle werden in Weiß umgewandelt oder umgekehrt. Es gibt mehrere Möglichkeiten, Schwellenwerte festzulegen. Monochrome Bilder werden am einfachsten über den Menübefehl Bildanpassungsschwelle überschrieben. Die Schwelle kann mit den Schiebereglern eingestellt werden. Die Pixel innerhalb des Schwellenbereichs werden rot dargestellt. Wenn Sie mit den Schwelleneinstellungen zufrieden sind, können Sie dann auf Apply klicken. Dies wird die Schwellenwerte dauerhaft anwenden und das Bild in Binär umwandeln. Sie haben verschiedene Möglichkeiten, einen manuellen Schwellenwert einzustellen. Das Dropdown-Menü, das auf Default eingestellt ist, erlaubt Ihnen, zwischen Standard und 15 anderen Schwellentechniken zu wählen. Das Dropdown-Menü, das auf Rot eingestellt ist, erlaubt Ihnen, zwischen einem rot-weißen Farbschema, einem schwarzen auf weißen Farbschema oder einem Über - und Unterfarbschema zu wählen. Der Dunkel-Hintergrund-Kasten wird die Vordergrundfarbe mit der Hintergrundfarbe umdrehen. Sie können auch die Stack-Histogramm-Box überprüfen, um ein Histogramm für einen ganzen Stapel zu erzeugen. Bei Farbbildern erfolgt die Einstellung der Schwelle mit der Befehlsfolge Bild Einstellen der Farbschwelle. . Mit der Option "Thresholding" können Sie eine andere als die Standardeinstellung wählen. Mit der Option Schwellenfarbe können Sie zwischen Rot, Weiß, Schwarz oder BampW als Schwellenwert wählen. Mit der Option Farbraum können Sie zwischen HSB, RGB, Lab und YUV wählen. Der Hintergrund des Schwellenbildes kann leicht oder dunkel gemacht werden. Das Bild kann über den Menübefehl Bildtyp 8-Bit in ein Binärbild konvertiert werden. Es gibt viele Algorithmen, die Sie verwenden können, um die Schwelle ohne Einführung von Benutzer-Bias zu berechnen. Eine Auswertung von über 40 davon findet sich in diesem Beitrag: Sezgin, M. amp Sankur, B. (2004), Umfrage über Bildschwellentechniken und quantitative Leistungsbewertung, Journal of Electronic Imaging 13 (1). 146-168 (auf Google Scholar). Fidschi hat mehrere Plugins im Menü Bild anpassen Schwelle für die automatische Berechnung eines Bildschwellenwertes gefunden. Dazu gehören Otsus-Schwellwert, maximale Entropie-Schwelle und Mischungsmodellierung Schwellenwert. Eine vollständige Liste der mit Fidschi verfügbaren Methoden finden Sie im Abschnitt "Plugins" im Abschnitt "Dokumentation" unter der Registerkarte "Inhalt" oben auf dieser Seite. Watershed-Trennung Überlappende Objekte in einem Binärbild können über den Menübefehl Process Binary Watershed getrennt werden. Zuerst das Bild in Binär durch Schwellenwert umwandeln. Die schwarzen Pixel werden dann durch graue Pixel mit einer Intensität ersetzt, die proportional zu ihrer Entfernung von einem weißen Pixel ist. Schwarze Pixel näher an der Kante sind leichter als schwarze Pixel, die zentraler sind. Dies ist die euklidische Distanzkarte (EDM) des schwarzen Bereichs. Daraus werden die Zentren der Objekte berechnet. Dies sind die endgültigen erodierten Punkte (UEPs) jedes schwarzen Bereichs, was bedeutet, dass sie von jeder Kante gleich weit entfernt sind. Diese Punkte werden dann erweitert, bis sie ein anderes schwarzes Pixel berühren. Dieser Treffpunkt ist, wo eine Wasserscheidelinie gezeichnet wird. Partikel analysieren Um die Partikel in einem segmentierten Bild zu analysieren, verwenden Sie den Menübefehl Analysieren Partikel analysieren. . Dies gibt Ihnen Informationen über jedes Teilchen im Bild. Legen Sie die minimale Größe und die maximale Pixelbereichsgröße fest, um alles auszuschließen, was kein interessantes Objekt im Bild ist. Rundheitswerte zwischen 0,0 und 1,0 können auch ausgewählt werden, um unerwünschte Objekte auszuschließen. Wählen Sie die Option Show: Outlines, um ein Bild der erkannten Objekte anzuzeigen. Das Dropdown-Menü "Show" ermöglicht es dem Benutzer, Nothing, Bare Outlines, Ellipsen, Masken, Count Masken, Overlay Outlines und Overlay Masken anzuzeigen. Der Benutzer kann wählen, ob die Ergebnisse angezeigt werden sollen. Ergebnisse löschen Zusammenfassen . Zum Manager hinzufügen Ausschlüsse auf Kanten. Löcher einbeziehen Aufzeichnung beginnt. Andor In situ Show. Die Partikelanalyse kann über Plugins oder Makros automatisiert werden, sobald der richtige Schwellenwert und der Partikelgrößenbereich für Ihre interessanten Objekte bestimmt wurden. Nucleus Counter Dieses Plugin automatisiert viele der oben diskutierten Schritte. Geben Sie den zu zählenden Größenbereich ein. Wählen Sie die automatische Schwellenwertmethode. Dies kann entweder Strom sein. Otsu Maximale Entropie, Mischung Modellierung oder k-bedeutet Clustering. Strom verwendet den Schwellenwert, der manuell eingestellt wurde, siehe oben. Führen Sie eine Hintergrundkorrektur durch. Verwenden Sie einen Smooth-Filter. Führen Sie eine Wasserscheide Trennung. Füge die Teilchen dem ROI-Manager hinzu. Sagen Sie ja zu einer Zusammenfassung. Weitere Optionen können auf Anfrage ganz einfach hinzugefügt werden. Die Anzahl, die Fläche und die durchschnittliche Größe werden als Textfenster zurückgegeben und die umrissenen Partikel werden auf einem Duplikat des Originalbildes überlagert. Sie können das eingebaute Multi-Point-Tool verwenden, um Partikel manuell zu zählen. Particle Tracker Particle Tracker ist ein 2D-Feature Point-Tracking-Plugin für die automatisierte Erkennung und Analyse von Partikel-Trajektorien, wie sie in der Videobildgebung in der Zellbiologie aufgezeichnet wurden. Der Algorithmus ist in Sbalzarini und Koumoutsakos (20051) beschlossen. TrackMate Verwenden Sie den Menübefehl Plugins Tracking TrackMate. Dieses Plugin ermöglicht es Ihnen, Single-Partikel-Tracking von punktförmigen Strukturen durchzuführen. Weitere Informationen finden Sie im TrackMate-Tutorial und in der Erläuterung. Manuelles Tracking Verwenden Sie den Menübefehl Plugins Tracking Manual Tracking. Mit diesem Tool können Sie die Bewegung einer Zelle verfolgen. Was die verschiedenen Binärbefehle tun Das Untermenü enthält Befehle, die binäre (Schwarzweiß-) Bilder verarbeiten. Diese Befehle gehen davon aus, dass Standardobjekte schwarz sind und der Hintergrund weiß ist. Sehen Sie sich diese FAQ an, wie Sie die Voreinstellung auf schwarzen Hintergrund und weiße Objekte einstellen können. Konvertiert Bilder in Schwarzweißbilder. Der Schwellenwert wird durch die Analyse des Histogramms der aktuellen Auswahl oder des gesamten Bildes bestimmt, wenn es keine Auswahl gibt. Sehen Sie diese FAQ, die den verwendeten Algorithmus beschreibt. Wenn das Tool "ImagegtAdjustgtThreshold" aktiv ist, wird ein Dialogfeld angezeigt, in dem Sie festlegen können, welche Pixel auf die Hintergrundfarbe eingestellt sind und welche Farbe im Vordergrund ist und ob der Hintergrund schwarz ist und der Vordergrund weiß ist. Bitte aktualisieren Sie die oben genannten möglicherweise nicht vollständig korrekt Mit Stacks werden alle Bilder im Stapel in Binär mit dem berechneten Schwellenwert des aktuell angezeigten Slice konvertiert. Verwenden Sie das ConvertStackToBinary-Makro, um einen Stack in Binärdateien zu konvertieren, wobei lokal berechnete Schwellenwerte verwendet werden. Konvertiert Bilder auf Schwarzweißbilder basierend auf den aktuellen Schwelleneinstellungen. Durch die Voreinstellung wird die Maske eine invertierende LUT (schwarz ist 255 und weiß ist 0), aber schafft schwarze Hintergrund (0) Masken, wenn Black Background im Dialogfeld ProcessgtBinarygtOptions überprüft wird. Bitte aktualisieren, das oben genannte kann nicht vollständig korrekt sein Bestimmt die lokalen Maxima in einem Bild und erzeugt ein binäres (maskähnliches) Bild der gleichen Größe mit den Maxima oder einem segmentierten Partikel pro Maximum, markiert. Bei RGB-Bildern werden Maxima der Luminanz ausgewählt, wobei die Luminanz in Abhängigkeit von den Einstellungen von EditgtOptionsgtConversions als gewichtetes oder ungewichtetes Mittel der Farben definiert ist. Dieser Befehl basiert auf einem Plugin von Michael Schmid. Es wird ein Dialogfenster mit folgenden Optionen angezeigt: Rauschtoleranz - Maxima wird ignoriert, wenn sie nicht mehr als der Wert aus der Umgebung herausragt (kalibrierte Einheiten für kalibrierte Bilder). Mit anderen Worten wird eine Schwelle auf den Maximalwert minus Rauschtoleranz gesetzt und der zusammenhängende Bereich um das Maximum über dem Schwellenwert wird analysiert. Für die Annahme eines Maximums darf dieser Bereich keinen Punkt mit einem Wert höher als das Maximum enthalten. Nur ein Maximum innerhalb dieses Bereichs wird akzeptiert. Einzelpunkte - Erzeugt ein Ausgabebild mit einem einzigen Punkt pro Maximum. Maxima innerhalb der Toleranz - Erzeugt ein Ausgabebild mit allen Punkten innerhalb der Rauschtoleranz für jedes Maximum. Segmente Partikel - Angenommen, jedes Maximum gehört zu einem Partikel und segmentiert das Bild durch einen auf den Werten des Bildes angewandten Watershed-Algorithmus (im Gegensatz zu ProcessgtBinarygtWatershed, der die euklidische Distanzkarte verwendet). Punktauswahl - Zeigt eine Mehrpunktauswahl mit einem Punkt bei jedem Maximum an und erzeugt kein separates Ausgabebild. Count - Zeigt die Anzahl der Maxima im Ergebnisfenster an, gibt kein Ausgabebild. Exclude Edge Maxima - schließt Maxima aus, wenn der Bereich innerhalb der Rauschtoleranz, der ein Maximum umgibt, den Rand des Bildes berührt (Rand der Auswahl spielt keine Rolle). Heller Hintergrund - Ermöglicht die Verarbeitung von Bildern mit hellem Hintergrund und dunklen Objekten. Oben unterer Schwellenwert - (Diese Option erscheint nur für Schwellenwerte) Findet Maxima über dem unteren Schwellenwert nur. Der obere Schwellenwert des Bildes wird ignoriert. Wenn als Ausgangstyp segmentierte Partikel ausgewählt sind. Der Bereich unterhalb der unteren Schwelle gilt als Hintergrund. Diese Option funktioniert nur bei der Suche nach Maxima des Pixelwerts im mathematischen Sinne, d. H. Dunklen Hintergrund und nicht invertierenden LUT oder hellen Hintergrund und invertierenden LUT. Vorschau-Punkt-Auswahl - Zeigt die Maxima mit den aktuellen Parametern als Mehrpunkt-Auswahl an, die dem Bild überlagert ist. Wenn diese Option aktiviert ist, wird auch die Anzahl der gefundenen Maxima im Dialogfenster angezeigt. Für Ausgabetypen Einzelpunkte. Maxima innerhalb von Toleranz und segmentierten Partikeln. Ausgabe ist ein binäres Bild, mit Vordergrund 255 und Hintergrund 0, mit einer invertierten oder normalen LUT abhängig von der Black Background Option in ProcessgtBinarygtOptions. Die Anzahl der Partikel (wie sie von Analysenpartikeln erhalten werden) im Ausgabebild hängt nicht vom ausgewählten Ausgabetyp ab. Beachten Sie, dass segmentierte Partikel in der Regel dazu führen, dass Partikel die Kante berühren, wenn Exclude Edge Maxima ausgewählt ist. Ausschluss von Edge Maxima gilt für das Maximum, nicht für das Partikel. Finde Maxima auf ein lautes Bild mit verschiedenen Optionen angewendet (Exclude Edge Maxima ausgewählt). Finden Sie Maxima funktioniert nicht auf Stacks, aber das FindStackMaxima-Makro führt es auf alle Bilder in einem Stapel und erstellt einen zweiten Stack mit den Ausgabebildern. Ersetzt jedes Pixel mit dem minimalen (leichtesten) Wert in der 3times3 Nachbarschaft. Mit binären Bildern, entfernt Pixel aus den Kanten der schwarzen Objekte. Ersetzt jedes Pixel mit dem maximalen (dunkelsten) Wert in der 3times3 Nachbarschaft. Mit binären Bildern fügt Pixel zu den Kanten der schwarzen Objekte hinzu. Führt eine Erosionsoperation durch, gefolgt von Dilatation. Mit binären Bildern glättet dies Objekte und entfernt isolierte Pixel. Führt einen Dilatationsvorgang durch, gefolgt von Erosion. Mit binären Bildern glättet das Objekt und füllt kleine Löcher. Der Befehl hat einen Tailing-Bindestrich, um ihn von der Datei zu schließen. Zeigen Sie ein Dialogfeld an, in dem mehrere Einstellungen, die von Befehlen im Binäruntermenü verwendet werden, geändert werden können. Iterationen gibt an, wie oft Erosion, Dilatation, Öffnen und Schließen durchgeführt wurden. Count gibt die Anzahl der benachbarten Hintergrundpixel an, die erforderlich sind, bevor ein Pixel aus der Kante eines Objekts während der Erosion entfernt wird und die Anzahl der benachbarten Vordergrundpixel, die erforderlich sind, bevor ein Pixel dem Rand eines Objekts während der Dilatation hinzugefügt wird. Überprüfen Sie den schwarzen Hintergrund, wenn das Bild weiße Objekte auf einem schwarzen Hintergrund hat. Wenn Pad-Kanten bei der Erodierung überprüft werden, ändert ProcessgtBinarygtErode nicht von den Kanten des Bildes. Diese Einstellung wirkt sich auch auf ProcessgtBinarygtClose aus. Die von den Kanten erodiert wird, sofern diese Option nicht aktiviert ist. EDM-Ausgang bestimmt den Ausgabetyp für die ProcessgtBinarygtDistance Map. Ultimate Points und Voronoi Befehle. Setzen Sie es, um für 8-Bit-Ausgang zu überschreiben, der das Eingabebild 8-Bit überschreibt. 16-Bit oder 32-Bit für separate Ausgabebilder. 32-Bit-Ausgang hat Gleitpunkt (Subpixel) Abstand Auflösung. Erzeugt eine einteilige Breite von Vordergrund (schwarzen) Objekten in einem binären Bild. Die Zeile wird innerhalb des Objekts gezeichnet, d. h. auf vorherigen Vordergrundpixeln. Wiederholt entfernt Pixel aus den Kanten von Objekten in einem binären Bild, bis sie auf einzelne Pixel breite Skelette reduziert sind. Gegenstände werden als schwarz und hintergrundweiß angenommen. Beachten Sie, dass es viele Skelettierungsalgorithmen gibt. Erzeugt eine euklidische Distanzkarte (EDM). Jedes Vordergrundpixel im Binärbild wird durch einen Grauwert ersetzt, der gleich dem Pixel039s Abstand vom nächsten Hintergrundpixel ist. Verwenden Sie ProcessgtBinarygtOptions, um die Hintergrundfarbe (schwarz oder weiß) und den Ausgabetyp bei der Auswahl von Überschreib - oder 8-Bit-Ausgabe festzulegen. Beachten Sie, dass Distanzen größer als 255 als 255 bezeichnet werden. Erzeugt die endgültigen erodierten Punkte (UEPs) des EDM. Benötigt ein Binärbild als Eingabe. Die UEPs repräsentieren die Zentren der Partikel, die durch Segmentierung getrennt werden würden. Der Grauwert von UEP039 ist gleich dem Radius des eingeschriebenen Kreises des entsprechenden Teilchens. Verwenden Sie ProcessgtBinarygtOptions, um die Hintergrundfarbe (schwarz oder weiß) und den Ausgabetyp festzulegen. Die Watershed-Segmentierung der euklidischen Distanzkarte (EDM) ist ein Weg, um automatisch Partikel zu trennen oder zu zerteilen, die sich berühren (Watershed-Trennung eines Graustufenbildes ist über den Befehl Find Maxima verfügbar). Der Watershed-Befehl erfordert ein Binärbild mit schwarzen Partikeln auf weißem Hintergrund. Es berechnet zuerst die euklidische Distanzkarte und findet die endgültigen erodierten Punkte (UEPs). Es erweitert dann jedes der UEPs (die Peaks oder lokalen Maxima des EDM) so weit wie möglich - entweder bis zum Rand des Partikels erreicht ist, oder die Kante der Region eines anderen (wachsenden) UEP. Die Watershed-Segmentierung eignet sich am besten für glatte, konvexe Objekte, die sich zu stark überlappen. Hier ist eine Animation, die zeigt, wie die Wasserscheide-Segmentierung funktioniert. Spaltet das Bild durch Linien von Punkten, die einen gleichen Abstand zu den Rändern der beiden nächsten Partikel haben. So enthält die Voronoi-Zelle jedes Teilchens alle Punkte, die diesem Teilchen näher sind als jedes andere Teilchen. Für den Fall der Teilchen, die Einzelpunkte sind, ist dies eine Voronoi-Tessellation (auch bekannt als Dirichlet-Tessellierung). In der Ausgabe ist der Wert innerhalb der Voronoi-Zellen null, wobei die Pixelwerte der Trennlinien zwischen den Zellen gleich dem Abstand zu den beiden nächsten Partikeln sind. Dies ähnelt einer medialen Achsentransformation des Hintergrundes, aber es gibt keine Linien in inneren Löchern von Teilchen. Wählen Sie im Dialogfeld ProcessgtBinarygtOptions den Ausgabetyp (Überschreiben, 8-Bit, 16-Bit oder 32-Bit) und Hintergrundfarbe (Schwarz oder Weiß für Eingang und Ausgang). Guiprocessbinary. txt middot Letzte Änderung: 20100126 11:07 (externe Bearbeiten) Imagej Binäre Optionen Vermeiden Sie es, Ihre Augen von nun an zu verlieren, um Position in der aktiven finanzierten Konto zu verlieren. 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